Cyber Rebellion переносит игроков в далёкое будущее, когда человечество вступило в кибернетическую эру. В мир вторглась враждебная сила под названием Апокалипсис, которая стала заражать всех вирусами. Действия игры разворачиваются в Городе небосклона, последнем убежище человечества, а сюжет расскажет о команде, которая пытается дать отпор захватчикам и спасти всех людей.
